G.I. JOE: Xà Nhãn Báo Thù - Snake Eyes: G.I. Joe Origins xoay quanh câu chuyện về anh chàng Snake Eyes, sau khi thành công giải cứu được người kế thừa, anh đã được vinh dự gia nhập và gia tộc tại Nhật Bản là Arashikage, tại đây anh được mọi người tại dây huấn luyện trở thành một chiến binh Ninja vĩ đại. Tuy nhiên, bí mật trong quá khứ của anh bỗng quay trở lại, do đó khiến cuộc sống của anh rơi vào nguy hiểm.